冲绳附近海域，暮世正在“海之城”（人工建造巨大海上城市）旁石油开采平台工作。突然，海中一个类似蛇形的不明物体袭击海之城，巨大的人工岛沉入海中，大部分居民丧生，暮世的前妻和女儿（大约10岁）（人物设定为华人）所乘坐的观光潜艇被困在海底。全船只有他们两个人没事（只是昏倒），其他人不知死到哪里去了。追踪“大蛇”的自卫队潜艇放出新型海底救生潜艇“DSRV”观察躲在“海之城”水下“大蛇”的踪迹，被暮世通过海底监视器发现。暮世向自卫队发去信息，请求救援。自卫队高官眼见潜艇行踪暴露，只好同意派出“DSRV”参加救援工作。“DSRV”上装备了军方最新的机密装备“三维声纳成像仪”。