非洲的水系主要由尼罗河(赤道向北)和刚果河(中非)流域主宰，总计灌溉非洲近1/4的土地面积。在此两大河流之间的分界处之南是一些大的淡水湖。满布岛屿的维多利亚湖是非洲最大的湖，也是尼罗河主要的蓄水库。坦干伊喀湖和尼亚沙湖是在非洲大裂谷体系的深谷中形成的一串湖泊中最大者，西非的尼日河和南部的尚比西(Zambezi)河以及橘河连同它们的支流构成非洲其馀外部水系的大部分。北部的查德(Chad)湖和南部的奥卡万戈沼泽地(Okavango Swamp)均在非洲两大内陆盆地之中。