《最终试验鲸鱼》的主人公久远寺睦是巡回马戏团的一员，某日他们来到了天空中有鲸鱼游弋的城市，而他在鲸鱼之丘上遇见了神秘的鲸鱼少女的故事，随着美少女们一个个登场主角久远寺睦也开始忙碌起来。但这个城市背后到底有着什么故事呢？

这是一个可以在天空中看到“鲸鱼”的不条理世界。久远寺睦是一个旅行艺人团团长的儿子，他跟随着艺人团到处旅行表演，于是便来到了这个不可思议的偏僻城市。命运的齿轮开始转动，睦不得不去面对一些痛苦的回忆……