故事发生在民国年代。
长期潜伏在中国的日本高级特务，以北平公安局“陆局长”的身份，表面上日夜操劳维持全县城的治安管理，却在暗中掌控着整个北平的武装力量，并秘密将北平红楼图书馆地下室改建成人体实验室。实验室里挂着断手残肢，福尔马林里浸泡着各类器官，以及一排排贴着编号和性别的“人体模型”，全都是惨死在日本人手中的中国人。这座红楼便是闹鬼的“红髅”，而以“胡司仁”为代表惨死的中国人便是这栋楼的“冤鬼”。
抗战初期，一大批汉奸昧着良心做日本人的走狗，随着二战爆发，日本嚣张跋扈的气势逐渐被削弱，日本人也迅速撤离中国领土。红楼闹鬼的主要线索“尚存良”(尚存良心)，为将日本人令人发指的行径曝光于世，又不至于背负“汉奸”的罪名，苦心设计让这座红楼的看守人余老爷“见鬼”，并怂恿余老爷胆大心细的儿子望然参与调查此事。
于是有了深夜里卜爷和隋爷来找余爷喝酒，酒喝到略有醉意之时，借着卜爷向余爷提亲为由，提出了“碟仙”的建议，大风起、碗碟破、指割破，卜爷隋爷纷纷告辞，此时乔装打扮成冤鬼“胡司仁”的隋爷(真实身份为尚存良)嘱托老余，希望他能去胡家峪让他的女儿胡妹找回自己的尸骨安葬，并留下三枚大洋作为感谢。受到惊吓的老余让儿子望然赶赴胡家峪一趟，不料果真在“冤鬼”嘱托下找到了这户人家的女儿胡妹，不信世上有鬼的余家父子被这出亦真亦假的闹剧惊得目瞪口呆。
余望然，燕京师堂的爱国学生，与北平公安局长的独女陆瀛瀛是同学。陆瀛瀛一心一意地喜欢着余望然，而落花有意流水无情，望然拿热情追求他的局长千金不知如何是好。女管家劝瀛瀛放弃对望然的幻想，一句“你们不是一类人”说出了两人相差悬殊的身份，也暗示着两个互相对立的民族是不可能言和的。
潘家峪是河北丰润(今河北唐山)腰带山中的一个山村，七七卢沟桥事变后，潘家峪成为冀东抗日根据地之一，也因此成了日军“扫荡” 的重点地区;潘家峪人民的抗日斗争激怒了日本侵略者，面对这座打不垮、攻不进的抗日堡垒，丧心病狂地要把潘家峪人民斩尽杀绝。历史上的“潘家峪惨案”即影片中的“胡家峪惨案”，这次惨案中，整个山村几乎无人生还，除了当日外出的“胡司仁”幸免于难。望然来到已经面目全非的胡家峪，看到了胡司仁之墓，胡妹之墓，以及高墙上化身成狐媚的胡妹，百转回肠。胡妹化身狐媚，来向前来胡家峪的望然告别;远远望着他们的卜爷带着女儿离开，经过“碟仙”这一卦，卜爷知道和老余家的这门亲事“八字不合”，便不再强求 。
胡妹，一个普通的中国农村女孩，与洋气开放的陆瀛瀛是完全不同的女子，看似温婉柔和，内心却无比执着刚毅。难怪望然会被这样的女子吸引，遗憾两位爱国青年在特殊年代，即便是暗生情愫，却也只能用回忆和悲痛来思念，丧国之痛远大于儿女私情。时光飞逝的七十年后，望然的孙子在胡家峪惨案纪念碑前，遇到了转世的胡妹，梨花雨落，千古柔情，两人这一世这一刻的相望，此时浓烈地化也化不开。
有人说是卜爷的女儿春丽假扮成胡妹，其实胡妹早在日本人血洗胡家峪案中死了。我倒宁愿相信真的是死去的胡妹化成人形前来与望然一同调查胡父案，带回父亲的遗体落葬。案情真相大白后望然再也找不到胡妹，殊不知胡妹正躲在暗中向望然告别;流星划过天际之时，兴许在那一刻胡妹许下了来世再见的愿望。
再狠毒的人内心也有一片柔软的地方，潜伏多年的日军大佐“陆局长”在女儿死后，切腹自尽告慰女儿在天之灵。他是敌，是“恶势力”余孽，也是一位深爱女儿的父亲，为了女儿可以放弃追究暗探红楼秘密的望然胡妹，以至于最后事情败露天下，自己的女儿也死在混战中。即使能够完成国家赋予的使命，却要付出失去至亲的代价，失责，自责，孤独，惩罚，用自尽来结束这一切，每看到这样一幕总要产生对日本武士道精神的敬畏。
电影红髅海报
与其说这是部“恐怖片”，倒不如说是“悬疑片”。国产悬疑片最后是不会宣扬鬼神说的，但会有一种情怀。就像之前林心如主演的《京城81号》，恐怖场景不过是心理问题产生的幻想，整个观影过程布满笑点和槽点，但当影片最后那具几十年不灭尸体，在转世后的林心如回眸深望的那一眼中终于灰飞烟灭时，我从林心如的眼眸深处看到了一股瑟瑟发抖的悲凉和为之一振的恐惧。
《红髅》作为纪念抗战七十周年的另类影片，用独特的方式来讲述民族仇恨，爱国情怀，人文情怀，加上演员走心的表演，如果要用两个字来概括，那便是“感动”。
