夜光神杯剧情以对犯了错的杯仙的惩罚为线索，以明快、轻松的喜剧方式讲述了杯仙看遍人性的贪婪之后，和一对父女以及一群真善美的朋友，战胜了贪得无厌的人的故事。她从最初的不食人间烟火蜕变得勇敢正直，最终不惜为了爱情放弃了自己的生命，成全了所爱的人，赢得了大家的尊重。
传说中有一个夜里会发光的杯子，谁要是得到它，谁就可以许三个愿望，
天上世界，女娲娘娘降服千年蜈蚣精，以好善之德将小蜈蚣罩在杯中，并命小仙子杯仙负责看守，谁知杯仙误信蜈蚣精让它逃跑。女娲惩罚小仙子将杯子流入凡间，谁若有缘拾起，注水入杯中，便可成为杯仙的主人，并可提出三个愿望。杯仙必须待奉满一千个主人，方可考虑重新位列仙班。
从此，民间就流传一个传说：有一个夜里会发光的神杯能为人实现任何愿望。
杯仙辗转人间已侍奉了九百多位主人，阅尽人间百态。但是，自从神杯落在三口镇郑丰之父手上后，贪心的郑父迟迟不肯许第三个愿望。因郑家一夜暴富，郑丰贪图玩乐，不思进取，令郑父烦恼不已。为求儿子上进，郑父被迫许下第三个愿望，杯仙于是施法，郑家从此家道中落，一贫如洗。
夜光神杯剧照
郑丰和妻子恩爱无比，女儿宝宝乖巧活泼，还有两个忠心的仆人七成和曹敬。曹敬对郑丰之妻秀秀爱慕垂涎已久，但因郑父当年将曹父打至痴呆夺走神杯，致使曹敬沦为下人，曹敬始终怀恨在心，伺机报仇。
蜈蚣精潜逃人间，被曹敬所救，曹敬借助蜈蚣精的能量，得到郑家所有财产，更希望占有神杯。没想到这个藏有杯仙的神杯，竟阴差阳错，落到宝宝的手上!宝宝成为杯仙新的主人，但是宝宝不相信世上有神仙，始终不肯许愿，害杯仙不能换主人，杯仙拿宝宝又气又无奈。
蜈蚣精以曹敬父亲性命相要挟，要曹敬负责找小孩给它吃。宝宝偷跑出去玩，被蜈蚣精抓去，秀秀为了救宝宝，竟然被
龙卷风卷走，生存无望!杯仙追到东海边，只拾到秀秀的一只绣花鞋，以为秀秀死了。谁知郑峰整日郁郁寡欢，秀秀娘家要抢回宝宝，杯仙不忍心看到父女别离，变作秀秀现身，发生一系列趣味故事。
另一边，女尊男卑的圣女国国王雅姜武功了得，邻国猎户国的首领铁木骁勇善战，两国常常交战，此时，也曾是杯仙主人的国王雅姜派出公主紫云和女将军灵芝到中原寻找神杯，于是七成和灵芝发生另一段欢喜情缘。
杯仙假扮的秀秀终被发现，为安慰郑丰，又骗他说秀秀其实没死，只是被风吹到某个海岛，二人终有一日会相见的，郑丰执意要出海寻找秀秀。众人一起出海找秀秀途中，灵芝暗中偷杯子，导致仙杯坠入海中，被千年老龟所吞。杯仙失去法力，和郑丰一起流落某荒岛上。此时，郑丰已知秀秀未死是杯仙的谎言，痛不欲生，但不知不觉和杯仙培养出一段仙凡的感情。
紫云爱上铁木，为刺激铁木假装也钟意郑丰，杯仙化身凡人和紫云争风吃醋，土地公屡次警告，她已犯天条，杯仙执迷不悟，把自己推向天怒人怨的危机。
为所爱的人杯仙放弃成仙的机会，变成凡人希望能与郑丰长相厮守，就在郑丰与杯仙成亲的那天郑丰知道真的秀秀并没死，而曹敬也因为要得圣女国的宝刀救秀秀，害死铁木，成为紫云的附马。秀秀被痴爱秀秀成狂的曹敬禁锢在蚕丝笼里。
